يعود إنشاء إدارة النقل في سنواتها الأولى منذ افتتاح الجامعة في عام 1377هـ وكانت تسمى في ذلك الوقت بإدارة الحركة، وبعد التطور الإنشائي والاقتصادي في الجامعة تم تغيير المسمى إلى إدارة النقل، وتعتبر الإدارة إحدى الكيانات الإدارية المساندة في الجامعة، تحت الإشراف المباشر لوكالة الجامعة للمشاريع، وتعنى الإدارة بإدارة الوحدات التابعة لها ومراقبة تحركات المركبات وكل ما يخص النقل الجامعي من خلال حركة السيارات والرحلات العلمية والضيافة والزيارات الرسمية وغيرها مما يخدم عدة مجالات بالجامعة، كما تشرف على صيانة المركبات وتزويدها بالوقود والزيوت والمتابعة الدورية لها وفق أنظمة وجداول محددة لكل مركبة وذلك من خلال الرقم الجامعي الخاص لكل سيارة.